Vou lhe ajudar agora mesmo a emitir uma NF-e com Frete por conta do Destinatário/Remetente.
Passo 1. Clique em F2 e digite Documentos DF-e.
Passo 2. Selecione a Forma de emissão, finalidade e o Tipo de Atendimento e clique em Fechar.

Passo 3. Na aba Resumo, preencha os campos com todas as informações, selecione a operação, o participante e os itens, a cada item adicionado que você deseja cadastrar o frete do item.
Para informar o frete basta clicar nos três pontinhos indicado na figura abaixo com a seta vermelha.

Passo 4. Ao clicar nos três pontinhos abrirá a tela para você digitar o Frete do Item.

- Digite o valor do frete e veja que será incluído automaticamente no valor da NFe.
Passo 5. Na aba transporte, preencha os campos que se pede.

- Modalidade do frete: Selecione 1- por conta do Destinatário/Remetente.
- Transportador: Selecione o Transportador da mercadoria.
- Tipo: Selecione o tipo de transporte e preencha todas as informações que se pede;
- Identificação da Balsa: Como no exemplo mostrado escolhemos o tipo Identificação da Balsa, você deverá preencher com as informações do transporte.
- Adicione os volumes transportados a fim de identificar a mercadoria.
